Eine typische Pflanze der Hochlagen

Das Gefleckte Johanniskraut ist typisch für die Hochlagen der Rhön. Es wächst auf kalkarmen, wechselfeuchten Lehm- und Tonböden und ist ein Zeiger für extensive Bewirtschaftung.

Auf den Wiesen bildet es meist in Herden. Es ist im Wuchs niedriger als das Echte Tüpfel-Johanniskraut und blüht etwas später. Sein Stängel ist im oberen Bereich 4kantig, während der Stängel des Tüpfel-Johanniskrautes (auch Echtes Johanniskraut genannt) rund mit zwei erhabenen Leisten ist. Ein weiteres Unterscheidungsmerkmal sind die Blütenkronblättern. Die haben beim Gefleckten Johanniskraut vor allem auf der Unterseite viel mehr dunkle Flecken und Striche.